ในการพิจารณาเลือกใช้การแพทย์ทางเลือกควรคำนึงถึงหลัก 4 ประการ คือ

1.หลักการมีประสิทธิผล การแพทย์ทางเลือกนั้น ๆ จะต้องได้ผลสามารถทำให้บรรเทาอาการหรือหายจากความทุกข์ทรมานที่เป็นอยู่ได้ 

2.หลักความปลอดภัย การแพทย์ทางเลือกนั้น จะต้องใช้ได้อย่างปลอดภัย โดยสามารถแก้ไขหรือป้องกันภาวะแทรกซ้อนที่อาจเกิดขึ้นได้ 

3.หลักความคุ้มค่า การแพทย์ทางเลือกนั้นจะต้องประหยัดค่าใช้จ่ายคุ้มค่า สมกับราคาซึ่งขึ้นกับเศรษฐฐานะของผู้ป่วยแต่ละคน ซึ่งไม่เหมือนกัน 

4.หลักความมีเหตุผล หรือทฤษฎีหรือกลไกของการบำบัดรักษาที่สามารถอธิบายให้เข้าใจได้ตามปรัชญาของการแพทย์ทางเลือกในแต่ละสาขา จะใช้การแพทย์สาขาใดสาขาหนึ่งมาพิจารณาตัดสินได้ยากมาก